Ameba cosmopolita di piccole dimensioni, vive nel colon e non è patogena.
Dimensioni: da 5 a 12μm; in media 8-10μm, leggermente più piccolo di Iodamoeba buetschlii.
Mobilità: visibile solo in campioni di feci appena emesse non fissati. Il trofozoite emette contemporaneamente numerosi pseudopodi, l'aspetto risultante è quello di un grappolo di bolle trasparenti.
Nucleo: non visibile a fresco, ma solo nei campioni fissati in SAF o colorati (tricromica, ematossilina). Membrana nucleare sottile senza cromatina periferica. In questa specie il cariosoma è molto polimorfo, sia per le dimensioni che per la sua posizione rispetto al nucleo. Può essere:
- rotondo, di grandi dimensioni e in posizione centrale (a occhio di uccello) oppure eccentrico, simile a quello di Iodamoeba buetschlii ma senza granuli pericariosomici (cromosomi);
- ovale;
- irregolare o a forma di Y;
- addossato alla membrana nucleare, in una massa unica o frammentato.
Citoplasma: granuloso, spesso contenente piccoli vacuoli ben definiti e in genere più pulito rispetto a quelli di Iodamoeba buetschlii.
Quando il cariosoma è di grandi dimensioni, il nucleo del trofozoite di Endolimax nana e quello di Iodamoeba buetschlii sono molto simili. Quindi, la diagnosi corretta di specie è possibile solo dopo esame di numerosi trofozoiti, tenendo conto soprattutto dei caratteri morfologici distintivi del nucleo.
Dimensioni: da 5 a 10μm larghezza 3-7μm
Forma: ellittica o ovalare, spesso apparentemente rotonda se osservata trasversalmente. In campioni a fresco (non fissati) l'interno è apparentemente vuoto, ialino e i nuclei non sono visibili.
Nuclei:da 2 a 4. Nelle cisti immature con 2 nuclei questi sono appaiati a una delle due estremità, mentre in quelle mature con 4 nuclei, essi sono appaiati a ciascuna delle due estremità
Nei campioni a fresco non fissati, il citoplasma della ciste è ialino e i nuclei non sono visibili, mentre in quelli fissati in formalina o SAF, ma non colorati, il cariosoma del nucleo appare come una piccola massa rifrangente circondata da un alone chiaro. La cromatina periferica è assente e la membrana nucleare non è visibile se non con le colorazioni permanenti (tricromica, ematossilina). Le colorazioni di Lugol e di Bailenger fanno risaltare maggiormente i nuclei. E' però preferibile esaminare a immersione (obiettivo 100 x) il preparato, per evitare di confondere queste piccole cisti con quelle di Entamoeba hartmanni; il colore piuttosto uniforme del citoplasma delle cisti permette di distinguerle da quelle di Giardia intestinalis. I corpi cromatoidi sono assenti. Nelle cisti immature di recente formazione si osserva la presenza di glicogeno diffuso che scompare rapidamente quando la cisti matura (Dobell 1919), al microscopio elettronico (TEM) infatti, si osservano aree omogenee e mal definite dove il glicogeno era presente.